近十年，南京大学模式动物研究所承担研究了诸多国家和省部级项目，包括国家重点研发项目、国自然重大研究计划、国家重大科技专项、国家杰出青年基金、国家优秀青年基金、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金面上项目等，项目经费累积2.5亿元。在Nature等国际高水平期刊上发表SCI论文800余篇，申报授权国内外专利50余项。

丰厚的学术成果也为产学研转化提供了坚实基础。从成立之初，南京大学模式动物研究所就为国内生物基础科研的跨越式发展提供了关键助力，同时也在不断尝试激活创新因子，将象牙塔里的科学资源有效转化为社会与市场中的经济优势。

目前，所内与南京大学创新创业办公室紧密合作，经学校向多家企业授权了数十项专利；模式所仪器与动物中心对外开放，承接了多项企业和医院的横向合同；同时，校地联合转化研究院也在筹备完善中，助力所内课题组的多年研究成果孵化为高科技初创企业，形成产学研转化的系统创新链。当前，由模式所科研团队创立的科技企业已有8家，其中由高翔教授所创办的江苏集萃药康生物科技股份有限公司更是创造了科创板从成立到上市的最快纪录。